Kohlrabi schälen, halbieren und in ca. 0,5 cm dicke Scheiben schneiden. Möhren putzen, schälen und längs halbieren. Gemüse nacheinander in Salzwasser in je 5-8 Min. bissfest garen. Herausheben, abschrecken und abtropfen lassen. Eine Auflaufform (ca. 23 x 30cm) mit Butter einfetten, Kohlrabi und Möhren abwechselnd einschichten.
Backofen auf 180° vorheizen. Die Eier, Quark, Schmand, Zitronenschale und 2 EL Petersilie glatt rühren. Mit Salz und Cayennepfeffer kräftig würzen und über dem Gemüse verteilen. Den Auflauf im Ofen (2. Schiene von unten) ca. 15 Min. garen.
Inzwischen den Zwieback im Mixer zerbröseln, Thymian und restliche Petersilie dazugeben und gut mixen, das Mehl untermischen. Die restliche Butter zerlassen, dazugeben und kurz mixen. Mit Salz und Cayennepfeffer abschmecken, mit den Fingern zu Streuseln verreiben und auf dem Auflauf verteilen. In weiteren ca. 20 Min. fertig garen.